Di ritorno da una missione, Ulrich, Yumi e Odd cadono vittime di una trappola di XANA che, assunte le sembianze di Jeremy, li rinchiude a loro insaputa in una bolla virtuale che riproduce fedelmente il collegio facendo loro credere di essere tornati nel mondo reale. Il vero Jeremy non ha quindi altra scelta che entrare a sua volta in Lyoko per tentare di salvare i suoi amici.